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Le contexte actuel d'extensification et l'intérêt croissant pour le développement d'agricultures durables se traduisent par des pratiques agricoles pouvant poser à terme des problèmes de cohérence agronomique ; d'une part, on assiste à des incitations à de fortes réductions d'intrants pour des raisons économiques et écologiques (azote, fongicides, herbicides) et d'autre part, l'extension de surfaces non entretenues augmente les risques d'infestations par les maladies et les adventices. En outre, ces évolutions doivent rester en cohérence avec la nécessaire adaptation au dérèglement climatique. Ces problèmes conduisent à un regain d'intérêt pour les cultures associées, y compris dans les zones d'agriculture intensive. Traditionnellement présentes dans des systèmes peu mécanisés des pays en développement ou volontairement extensifs, elles ont quasiment disparu de nos régions lors de la révolution verte. Elles réapparaissent en force depuis 20 ans comme une des réponses aux exigences de multifonctionnalités assignées à l'agriculture : production de qualité, préservant l'environnement   et un tissu rural en voie de désertification. La rationalisation et généralisation de leur utilisation reposent très largement sur une meilleure compréhension du fonctionnement des couverts associés aboutissant à mieux gérer la compétition pour les ressources entre espèces et/ou la facilitation qui accroît les ressources disponibles. De même, les associations très hétérogènes comme l’agroforesterie modifient le microclimat, voie prometteuse d’adaptation au dérèglement climatique.Des outils de diagnostic et de modélisation spécifiques aux couverts hétérogènes doivent accompagner ces innovations afin de mieux évaluer leurs intérêts et contraintes à différentes échelles d'espace et de temps. En conséquence, les interactions entre couverts associés sont étudiées de l'échelle des plantes à celle du bassin de production en parcourant les contraintes biologiques, physiques technologiques et économiques de leur utilisation au sein des filières végétales. 
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