Cette UE vise à découvrir et explorer la richesse des banques de données de gènes, de génomes, de fonctions et d'interactions (banques "omiques"). Après avoir pris connaissance du contenu de grandes banques omiques, les étudiants réaliseront des protocoles informatiques pour extraire des informations de ces banques et analyser fonctionnellement des réseaux de régulation ou métaboliques à partir des données extraites.
Contenu:
Cours: Nous verrons comment l'information du génome est représentée dans les grandes banques de données publiques: génomes complets (Ensembl, RefSeq), gènes (COGs), fonctions (Gene Ontology), santé (COSMIC, OMIM, Orphanet), ou expression (GEO). Nous présenterons des packages informatiques (R ou Python) permettant d'interroger les banques et d'en analyser le contenu. Nous verrons comment analyser les données d'expression pour inférer des réseaux de régulation.
TD et travail personnel: Nous choisirons un réseau de régulation et nous rechercherons les composants de ce réseau dans les différentes bases à l'aide de requêtes programmées. Nous exploiterons des données d'expression pour inférerer un réseau de régulation qui sera représenté graphiquement et informatiquement. Nous intégrerons toutes ces informations pour réaliser un synthèse finale des informations recueillies que nous confronterons à l'état des connaissances sur le réseau étudié.
- Enseignant: Laurent Coutte
- Enseignant: Patricia Delattre
- Enseignant: Daniel Gautheret
- Enseignant: Cécile Lagaudriere-Gesbert
- Enseignant: Diego Javier Zea