Instructions TP

En Résumé

Depuis le dossier ProjetMathInfo (voir Mise en place) sur le serveur Jupyter Hub :

• En début de séance, récupérer le TP en cours : ./course.py fetch NomDuTP
• En fin de séance et à la fin de chaque TP : ./course.py submit NomDuTP MonGroupe

Environnement de travail

Vous pouvez travailler :

Sur le service JupyterHub mis à disposition par l'université. Ainsi vous avez accès en ligne, depuis n'importe quel ordinateur, à l'ensemble des logiciels requis pour les TP.

Nos TP sont basés principalement sur deux logiciels SageMath et Jupyter qui sont tous les deux des logiciels libres.

Connexion au serveur

Connectez vous avec vos identifiants Adonis sur la page suivante:

https://jupyterhub.ijclab.in2p3.fr/

Dans la boîte de sélection d’établissement, saisissez Saclay puis sélectionnez Université Paris-Saclay.

Vous arrivez à l'écran de démarrage du serveur, choisissez "Jupyter Lab".

Vous obtenez un navigateur sur les fichiers de votre dossier personnel sur ce serveur. Notez que ce dossier est indépendant de votre dossier personnel dans les salles de TP. Aussi, si c’est la première fois que vous utilisez le service JupyterHub, ce dossier est vide.

Votre serveur sera automatiquement éteint au bout de deux heures d’inutilisation. Mais votre dossier personnel est conservé d’une fois sur l’autre.

Mise en place (premier TP)

Ouvrez un terminal en ( New >> terminal en haut à droite) puis tapez les commandes :

cd ~
git clone https://gitlab.dsi.universite-paris-saclay.fr/projetmathinfo/ComputerLab ~/ProjetMathInfo

Récupérer un TP

Depuis un terminal dans le dossier ProjetMathInfo en tapant

cd ProjetMathInfo

Ensuite, lancez la commande correspondant au TP que vous voulez récupérer :

./course.py fetch TP1

./course.py fetch TP2

./course.py fetch TP3

./course.py fetch TP_CheminsRecursifs

./course.py fetch TP_Des

./course.py fetch TP_Geologie

Une fois le TP récupéré, vous trouverez la feuille Jupyter dans le dossier correspondant sur votre serveur. Vous pouvez réaliser le TP directement sur le serveur.

Enregistrer / soumettre le TP

En fin de séance, pensez à "soumettre" votre TP, c'est-à-dire à l'enregistrer sur le serveur gitlab. Cela vous permet de :

• sauver votre travail en cas de problème sur le serveur Jupyter
• rendre votre travail accessible à votre enseignant

La commande pour sauvegarder un TP sur gitlab est la suivante :

./course.py submit TP1 MonGroupe

(remplacez TP1 par le nom du TP que vous sauvegardez et MonGroupe par LDDIM1 ou LDDIM2)

Attention ! Vérifiez bien que l'envoi du TP a fonctionné. Vous devez voir le message suivant

INFO:travo:- Soumission effectuée. Vous pouvez consulter votre dépôt:

Vous pouvez vérifier sur le lien que la soumission a fonctionné, c'est-à-dire que le fichier est bien à jour sur gitlab. En particulier, vous devez voir l'envoi que vous avez fait depuis "l'acivité" du projet gitlab ou dans la liste des "commits"

Installer l'environnement de travail chez vous

Cette partie est réservée aux étudiantes et étudiants qui souhaitent directement travailler sur leur propre machine sans passer par le serveur jupyter en ligne.

J'ai testé les instructions sur une machine sous Linux. Je ne sais pas si tout fonctionne sur les autres Systèmes d'exploitations (en particulier sous Windows) . En suivant les instructions jusqu'au bout, vous obtenez une copie de l'environnement de travail avec la commande ./course.

Si ça ne fonctionne pas, vous pouvez aussi vous contenter d'installer le logiciel SageMath. Vous n'aurez simplement pas accès à la commande pour faire des fetch / submit mais vous pouvez télécharger / uploader les fiches depuis le serveur jupyter ou gitlab.

Etape 1 : Installation de miniconda (si pas déjà fait au premier semestre)

Suivez les instructions de https://conda.io/miniconda.html . Sous linux, ce sera, dans un terminal:

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

À la fin de l’installation, le script modifie votre .bashrc pour rajouter conda dans votre PATH. Il faut ouvrir un nouveau terminal pour que cela prenne effet. Essayez, par exemple:

conda list

Etape 2 : Téléchargement du dépôt git du cours

Le dépot contient très peu de choses : principalement un script pour installer les logiciels

git clone https://gitlab.dsi.universite-paris-saclay.fr/projetmathinfo/ComputerLab ProjetMathInfo

Etape 3 : Installation des logiciels

En étant dans le sous-répertoire ProjetMathInfo/binder

conda env create

Pour mettre à jour les logiciels, dans le sous-répertoire ProjetMathInfo/binder

conda env update

Utilisation des logiciels

À l’ouverture du terminal, il faudra activer l’environnement projet-math-info

source activate projet-math-info

Ensuite vous pouvez suivre les instructions habituelles depuis votre dossier local ProjetMathInfo