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EN3605-Modélisation et physiologie animale_2024-25 APT_8373_EN3605_2024_25 Description du contenu de l'enseignement Objectifs: Initier à la compréhension des systèmes complexes régulés que constituent les organismes animaux. Initier à l'approche de modélisation pour appréhender les articulations entre les différents niveaux d'organisation des systèmes vivants et leur contrôle. Contenu: Cette U.E. inclut une dimension quantitative aux connaissances de physiologie animale, en privilégiant l'animal d'élevage. La nutrition animale sera notamment abordée dans l'optique de l'approche dynamique des lois de réponse multiples de l'animal aux variations du régime alimentaire. Le volet modélisation, au sens statistique comme au sens prédictif du comportement d'un système sera abordé sous un aspect pratique et utilitaire dans le cadre de son application à la physiologie de la nutrition. L'UE inclura notamment des éléments de formation à l'approche systémique et à la modélisation mécaniste appliquées à la nutrition au travers d'exemple de modèles d'un organe (tube digestif, foie…) ou de certaines grandes fonctions physiologiques (croissance, reproduction, lactation). Des applications pratiques de la modélisation seront développées sur différents logiciels. See course
EN3592-Du sauvage au domestique : évolution, places et rôles de l'animal dans nos sociétés_2024-25 APT_8374_EN3592_2024_25 Description du contenu de l'enseignement1- Le processus de domestication et ses conséquences : - histoire de la domestication ; - conséquences génétiques ; - conséquences comportementales (comportement des animaux entre eux et vis à vis de l'Homme) ; - «nouvelles espèces» en élevage. 2- Gestion de la faune sauvage et de la faune domestiquée (terrestre et aquatique) : - populations prélevées (chasse ou pêche) ; - ressources génétiques et sélection (situation générale et actions de préservation – droit d'accès aux ressources génétiques) ; - actions de gestion et de préservation de la faune sauvage. 3- Quels statuts pour l'animal dans nos sociétés ? - animal domestique/animal sauvage, animal de production/animal de compagnie ; - sociétés humaines (urbaine/rurale, sédentaire/pastorale…) ; - éléments de réflexion sur le statut de l'animal. L'enseignement est dispensé sous forme de conférences et de visites (par exemple : élevage de cerfs, élevage de faisans, zoo, parc naturel, territoire de recherche de l'ONCFS, MNHN...). See course
EN1982-Agronomy for global issues_2024-25 APT_8448_EN1982_2024_25 Les agronomes, contrairement aux économistes ou aux climatologues, ont commencé à travailler à l'échelle mondiale récemment. En effet, les agronomes ont un rôle à jouer pour relever les défis mondiaux dans le contexte d'une croissance rapide de la population mondiale et de l'évolution des régimes alimentaires, et de la nécessité de réduire l'empreinte écologique de l'agriculture. Afin de présenter le rôle que les agronomes peuvent jouer pour relever ces défis mondiaux, les conférences et les travaux de groupe s'articuleront autour d'une question centrale : "Doubler la production alimentaire à l'horizon 2050 ? Cette question centrale sera abordée sous plusieurs angles, en mettant en évidence les tendances passées et actuelles des principaux éléments et résultats du système alimentaire mondial (production agricole, pertes et déchets alimentaires, sécurité alimentaire) et les méthodes utilisées par les agronomes pour faire face à ces problèmes mondiaux. See course
EN1994-Concevoir des sytèmes à l'échelle du territoire_2024-25 APT_8450_EN1994_2024_25 L'objectif du module est de montrer comment l'agronome identifie, hiérarchise voire modélise les interactions d'ordre agroécologique et socioéconomique entre parcelles agricoles, entre exploitations agricoles, entre acteurs utilisant un même territoire pour concevoir et évaluer des systèmes techniques complexes (système d'approvisionnement d'industriel, bassin versant, habitat d'espèces à protéger …). Ce faisant l'agronome (ou l'agro-écologue) se trouvera fréquemment dans une posture de recherche-action au contact d'acteurs aux intérêts divers vis-à-vis des pratiques à développer dans ces territoires.On montrera comment cette posture justifie des dispositifs interdisciplinaires permettant d'analyser les stratégies et les décisions des acteurs, d'aborder les questions d'aide à la décision privée et publique ou à la négociation entre acteurs. See course
EN1995-Dynamique de changements techniques et sociaux_2024-25 APT_8451_EN1995_2024_25 L'enjeu est de doter les étudiants de capacités théoriques et méthodologiques pour comprendre comment se produisent et s'inscrivent des connaissances biotechniques dans des dynamiques de changements techniques et sociaux. Nous travaillons sur la co-évolution des problématiques et des modes d'intervention entre chercheurs et praticiens dans des situations complexes de changement. Ce sont les « trajectoires » du problème, des dispositifs de recherche, des activités et méthodes déployées, etc., qui sont mises au cœur de l'analyse.Le module doit permettre aux étudiants : d'être sensibilisés à la façon dont les Sciences Humaines et Sociales (SHS) abordent les rapports entre sciences et sociétés et les questions relatives au changement sociotechnique, de s'approprier des cadres issus des Sciences Humaines et Sociales pour analyser la façon dont interagissent chercheurs et praticiens dans un processus de recherche qui s'inscrit dans des situations complexes de changement, d'être mieux armés pour analyser leur propre posture de recherche et la façon dont s'opèrent la production et la mobilisation des connaissances agronomiques qu'ils contribuent à élaborer. See course
EN1997-AAE - Projet d'approfondissement pluridisciplinaire_2024-25 APT_8452_EN1997_2024_25 L'objectif du module est de transmettre des savoirs et des savoir-faire sur(i) les mécanismes de régulations biologiques à l'œuvre dans les agroécosystèmes sur les communautés animales et végétales et leur activité(ii) l'impact des systèmes de culture sur ces mécanismes, sur la biodiversité et l'activité biologique(iii) donner des pistes pour l'utilisation des régulations biologiques pour construire des systèmes de culture plus durables.  See course
EN1998-Séminaire : Trajectoires Agroécologiques_2024-25 APT_8453_EN1998_2024_25 L'objectif pour les étudiants est de comprendre les débats qui existent sur l'agroécologie et notamment sur(i) ses rapports avec d'autres disciplines dont l'agronomie,(ii) son rapport à l'action,(iii) ses implications épistémologiques.Les étudiants devront acquérir au cours des séances les arguments et références nécessaires pour développer un raisonnement scientifique et rigoureux sur des questions d'agroécologie. See course
EN1999-Statistiques_2024-25 APT_8454_EN1999_2024_25 L'objectif de ce module est d'approfondir les connaissances en modélisation statistique tant sur les aspects théoriques que pratiques. On s'intéressera tout particulièrement aux questions soulevées par les applications en agronomie et écologie.  See course
EN5664-Stage de recherche ou stage professionnel M2 AAE_2024-25 APT_8458_EN5664_2024_25 Objectifs:Conduire un projet à partir d'un sujet posé par un commanditaire avec les étapes suivantes : état de l'art sur le sujet, définition d'une problématique scientifique, élaboration et mise en œuvre d'une démarche et/ou d'un protocole de réalisation pour répondre à la question, présentation et analyse des résultats, discussion et mise en perspective des résultats par rapport à la problématique, à l'état des connaissances sur le sujet et aux objectifs initiaux du stage.L'ensemble de l'exercice est présenté sous forme d'un rapport de synthèse et d'une présentation orale devant jury.   See course
EN1984-Biosphere-Atmosphere interactions at local scale_2024-25 APT_8460_EN1984_2024_25 Understanding, modelling, measuring the interactions between the biosphere and atmosphere at fine scale (plants, leaf, …scales). Those interactions are key parameters to understand of the biosphere and (agro) ecosystems functioning, and to assesses Curriculum : Plant-Ecosystem-Atmosphere Interactions Mass and Energy transfer between plants soil and atmosphere within the atmospheric boundary layer (energy budget, water transfer, evaporation, CO2 exchange, pollution and GHG emission (a)biotic particles transfer).Outcomes: Aside of knowledge and a good understanding of the fundamentals of biosphere-atmosphere interaction and biophysics mechanisms, the course aims to provide also a good know-how in modelling, monitoring and data processing in such domain. See course
EN1988-Land-use engineering for the provision of climate and environmental services_2024-25 APT_8463_EN1988_2024_25 Land-use and ecosystem management are a key component of the environmental footprint of local communities, whether urban or rural. It encompasses impacts within and outside the geographical boundaries of these communities, because demand for ecosystem services may have consequences on distant countries through products imports or indirect market-related effects. Thus, designing and assessing strategies that minimize this footprint at product, citizen or community levels requires a thorough understanding of human, ecosystem and environmental responses involved in the underlying scenarios, from local to global scales. These responses may be analyzed using biophysical models of ecosystem functioning and ultimate the earth/climate system, and economic models describing the market mechanisms by which a local demand may translate into global consequences on the use and management of land worldwide.The objectives of this course is to raise the awareness of students regarding the biophysical and economic processes involved in the response of land-use and climate to economic drivers, and to equipthemwith state-of-the-art know-how on the modelling of theseprocesses, across a range of scales. Case-studies involving these models will serve to illustrate how they may be used to design and assesslow-carbonstrategies .The course will comprise lectures, practicals, and conferences from international experts (in approximatelyequalshares). Individual work is required to prepare the final examination. See course
EN1991-Public policy for climate and environmental regulation_2024-25 APT_8464_EN1991_2024_25 Sustainable development involves three aspects: economic development, social development, and environmental protection. The last item is widely discussed in the CLUES Master, by dealing with the interactions between human activities and environment through Earth sciences. However, in order to solve the current ecological challenges, it is necessary to build up biotechnical solutions economically and socially relevant (and so to be considered by policy makers…).This course aims to provide knowledge on these non-technical subjects for which economical, social and political challenges are particularly developed. In addition, since terrestrial ecosystems (e.g., forests, crops, but also urban ecosystems) are both sinks and sources of greenhouse gases (GHG), they can held mitigation strategies for climate regulation, but have to adapt themselves to climate change. See course
EN1985-Ecology under climate change_2024-25 APT_8465_EN1985_2024_25 Le module Ecology under Climate Change a pour enjeu d'étudier les effets du changement climatique sur la biodiversité des écosystèmes, le fonctionnement des écosystèmes et les services écosystémiques rendus par ces écosystèmes. Outre une étude et une compréhension de l'écologie des écosystèmes sous changement climatique, un des enjeux est d'appréhender les effets des interactions entre les différents facteurs du changement climatique sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes, mais aussi les effets de rétroactions des écosystèmes sur le climat.Différents aspects de cette problématique seront développés :les effets du changement climatique sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes,les relations entre biodiversité et fonctionnement des écosystèmes,la résistance et la résilience des écosystèmes vis à vis des perturbations - évènements météorologiques extrêmes,les effets du changement climatique sur les communautés végétales et les communautés microbiennes du sol impliquées dans le cycle du C et le cycle de l'N,les effets des interactions entre facteurs du changement climatique et les rétroactions des écosystèmes sur le climatles méthodes d'études de l'écologie sous changement climatique - observations, expérimentations, modélisationles enjeux actuels de l'écologie sous changement climatique : interface scientifique et politique  See course
EN1986-Integrated assessment of ecosystem services and sustainability_2024-25 APT_8466_EN1986_2024_25 Le cours vise à sensibiliser les étudiants au management environnemental, aux normes ISO 14 000 et aux principes de leur mise en œuvre dans différents contextes décisionnels pour améliorer la performance environnementale des systèmes de production ou des organisations. Le cours fournira aux étudiants les outils et méthodes actuellement utilisés dans ce processus pour l'évaluation environnementale des produits et services, et leur éco-conception. L'analyse du cycle de vie, dont l'utilisation se répand actuellement dans tous les secteurs économiques à des fins d'éco-conception, d'information des consommateurs ou de conception de politiques, occupera une place centrale dans la pédagogie. See course
EN1989-Land-use planning and agriculture in peri-urban areas_2024-25 APT_8468_EN1989_2024_25 With the increase of world demography and the need to concentrate human activities, urban areas have largely increased since the pre-industrial era, and a large number of megacities (> 10 million inhabitants) exists nowadays. This tendency will rise during the next years, and it is estimated that 1.2 million km² of (pseudo-)natural lands will be converted in urban areas in 2030, conversion that concerns especially arable lands. This decrease of arable lands is not consistent with the increase in food demand. Therefore, strategies must be developed in order to protect existing arable lands in the vicinity of cities (through public policies and local governance strategies) and new forms of agricultural systems have to emerge within the urban areas, accounting for the constraints of urban and peri-urban environments (e.g., climate, pollution, available space, social demand, governance).This course aims to provide knowledge concerning the specificities of urban and peri-urban agriculture, by dealing with the following topics:Diversity of forms (e.g., market gardening, Z-farming),multifunctionality (e.g., food supply, waste recycling, landscape design) and sustainability of urban and peri-urban agriculture,Public policies, local governance and regulations for (peri-)urban agriculture conservation and development.  See course
EN8757-Modelling concepts and applications_2024-25 APT_8471_EN8757_2024_25 Numerical modelling See course
EN2008-Mise à niveau et terrain_2024-25 APT_8475_EN2008_2024_25 Objectifs :Permettre aux étudiants de faire le point sur leurs connaissances de base en Science des Sols, afin qu’ils puissent remédier rapidement à leurs éventuelles lacunes.Former les étudiants à observer et décrire des sols sur le terrain, et à comprendre comment ces sols sont distribués en fonction de la géomorphologie d’une région.A partir de caractères observables in situ, être capable de formuler des interprétations sur la formation,le fonctionnement et l’utilisation durable des sols.Acquisition de bases pour nommer les sols. See course
EN2002-Ecologie et biogéochimie des sols_2024-25 APT_8476_EN2002_2024_25 Les organismes du sol jouent un rôle clef dans le fonctionnement des sols et les services écosystémiques associés. Ce module, constitué de conférences et TD, permet : i) d'acquérir des connaissances sur le fonctionnement biologique et biogéochimique des sols, les facteurs qui affectent la survie et l’activité des êtres vivants et des enjeux actuel de l'écologie et de la biogéochimie des sols, ii) de comprendre les interactions entre fonctionnement biologique, physicochimique et physique du sol à différents niveaux et échelles, iii) d'acquérir des compétences et des capacités d’analyse de la perturbation du fonctionnement biologique et biogéochimique du sol sous l’effet d’actions anthropiques (pollutions, technosols...), iv) d'acquérir des connaissances sur la valorisation des organismes vivants dans la dépollution des sols. See course
EN2004-Géomatique pour les sols_2024-25 APT_8477_EN2004_2024_25 L’objectif de l’UE est d’initier les étudiants aux différents aspects de la géomatique pour comprendre, analyser et gérer la variabilité spatiale des sols. See course
EN2007-Les sols dans le temps et l'espace_2024-25 APT_8479_EN2007_2024_25 Mettre en relation les facteurs de formation des sols et les caractéristiques de la couverture pédologique à différents niveaux d’organisation :Les grandes lois de variabilité des sols, processus de formation, d'évolution et de dégradation des sols, du profil à la planète et de l'année aux millions d'années.Influence de l’Homme et enseignement en termes de gestion durable des sols. See course
EN2009-Modélisation des processus dans les sols_2024-25 APT_8480_EN2009_2024_25 L’objectif du module est de fournir aux étudiants les outils de base pour développer et utiliser des modèles en fonction de différentes finalités en science du sol, en comprendre les avantages mais aussi en percevoir les limites. See course
EN2010-Physicochimie des sols_2024-25 APT_8481_EN2010_2024_25 Objectifs:(i) Acquisition de connaissances sur le fonctionnement bio-physico-chimique des sols en mettant l’accent sur a) la nature, l’origine et évolution et la réactivité des constituants organiques et minéraux, b) les processus physicochimiques (dissolution, sorption, complexation) et biogéochimiques (réactions redox) qui contrôlent la dynamique des éléments majeurs et traces et des molécules organiques dans les sols.(ii) Acquisitions de connaissances méthodologiques (modélisation en géochimie des solutions)Contenu:Thèmes abordés : Cours :- Caractérisation et réactivité des constituants inorganiques (cristallins et amorphes).- Nature, composition et évolution des matières organiques naturelles; propriétés acides et réactivité.- Echange ionique, adsorption spécifique, autres.- Processus redox dans les sols. TD :- Adsorption ionique et non ionique.- Acidification, pouvoir tampon et chaulage.- Intérêt de l'analyse de terre pour réaliser un diagnostic de fertilisationTravail de groupe:- Réactivité des matières organiques, complexation, NICA-Donnan model. See course
EN2001-Contaminants et dépollution des sols_2024-25 APT_8484_EN2001_2024_25

Le module traite de la question des contaminants présents dans les sols et les techniques de dépollution possibles. Il caractérise la diversité des sites contaminés en indiquant le cadre règlementaire qui s'applique et les gestions qui sont en place. Il donne les méthodes disponibles pour évaluer les risques et les traitements possibles. Il permet aux étudiants de développer leur expertise en matière de préconisation d'actions en fonction d'une situation donnée.

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EN2003-Ruissellement et érosion des sols : de la connaissance des mécanismes à la gestion in situ_2024-25 APT_8485_EN2003_2024_25 L’objectif de cet enseignement est de faire acquérir aux étudiants les connaissances de base sur l’érosion, ses causes, ses conséquences, et sa gestion. Même si l’accent sera mis sur les processus biophysiques, les aspects économiques et sociaux ne seront pas oubliés. See course
EN2005-Gestion et valorisation agronomique des produits résiduaires organiques (PRO)_2024-25 APT_8486_EN2005_2024_25 Le recyclage des matières fertilisantes d’origine résiduaire (MAFOR) en agriculture, fortement développé en France, permet la valorisation de déchets utilisés pour leurs propriétés fertilisantes et/ou amendantes avec des coûts modérés de mise en œuvre et est en adéquation avec le principe d'économie circulaire. Mais les MAFOR peuvent également être source de contaminants, impacter la qualité des récoltes, de l’eau (lixiviation des NO3-) ou de l’air (émissions de GES, NH3). Tous ces effets sont simultanés et nécessitent d’être évalués sur le long terme au fur et à mesure d’épandages répétés pour apporter des éléments de réponse déterminants quant à la pérennisation de la filière. See course
EN1966-Diagnostic agronomique et paysager à l'échelle de l'exploitation agricole_2024-25 APT_8514_EN1966_2024_25 L'UE, centrée sur l'exploitation agricole, propose de montrer, par la théorie et par l'expérience, les atouts et les contraintes d'une démarche pluridisciplinaire visant à saisir les articulations et les synergies entre deux approches, agronomique et paysagère : celles de l'analyse de la structure et du fonctionnement des exploitations agricoles, et celles de la lecture de paysage. Ainsi seront abordés dans un premier temps les enjeux théoriques et méthodologiques d'un tel rapprochement : les systèmes d'exploitation s'adaptent aux milieux mais aussi les aménagent, ce qui a un rapport étroit avec la démarche du paysagiste. De même, le paysage est pour l'agriculture, en particulier dans les paradigmes de l'agroécologie, une ressource essentielle à saisir dans la question de la conception spatiale de systèmes agroécologiques. Ce sont toutes ces connexions et ces mises en relation entre milieux (biophysiques), paysages (composantes et structures visibles mais aussi perceptions et représentations sociales) et activités agricoles, que les participants à cette UE esquisseront dans un second temps, par un exercice sur le terrain.  See course
EN1979-Science du sol 2_2024-25 APT_8525_EN1979_2024_25 Le module vise à permettre à de petits groupes d’étudiants (2 à 3) d’approfondir un sujet de leur choix en lien avec le fonctionnement physique, chimique ou biologique des sols et son pilotage dans une perspective agronomique et/ou environnementale.Les sujets d’approfondissement pourront être choisis à partir d’une liste de projets proposés par les différents partenaires de l’équipe pédagogique ou proposés par les étudiants eux-mêmes après validation par l’équipe pédagogique.Les sujets seront principalement traités à partir d’une approche bibliographique mais pourront, lorsque le sujet le justifie et que les moyens techniques et humains sont disponibles, être traités à partir d’une approche expérimentale sur le terrain et/ou en laboratoire.Les résultats de l’analyse bibliographique ou les résultats expérimentaux feront l’objet d’une synthèse suivie d’une restitution et d’une discussion collective à la base de l’évaluation du module. See course
EN2486-Contrôle commande et automatique séquentielle_2024-25 APT_8533_EN2486_2024_25 Objectifs:Comprendre et maîtriser les outils et méthodes de l'automatique industrielle.Contenu:Introduction à l'automatisation des procédésDynamique des systèmes, notion de fonction de transfertBases de la régulation industrielle (PID)Analyse, identification et régulation d'un procédéAutomatique séquentielle (Grafcet) [dont TD]Projet PID sur une étude de cas See course
EN2443-Biotechnologies industrielles : génie de la réaction biologique_2024-25 APT_8539_EN2443_2024_25 Objectif : former des cadres capables de prendre en compte les contraintes biologiques liées à l'utilisation des microorganismes afin de produire de la biomasse, des bioénergies, ou des biomolécules d'intérêt pour les industries chimiques, pharmaceutiques ou agro-alimentaires.Contenu :- Rappels sur le métabolisme microbien- Caractérisation des cinétiques microbiennes- Influence des facteurs d'environnement- Travaux pratiques de fermentation - Etude de cas concrets- Conférences sur la production de bioproduits obtenus par fermentationLes compétences visées sont de :- Savoir quantifier la croissance microbienne et la biosynthèse de biomolécules- Comprendre les effets des facteurs d’environnement sur les bioproductions- Savoir mettre en œuvre une fermentation à l'échelle pilote.  See course
EN2449-Biotechnologies industrielles : génie des bioréacteurs_2024-25 APT_8542_EN2449_2024_25 Objectifs :Former des cadres capables de mettre en œuvre de façon rationnelle des procédés biologiques, et de dimensionner des bioréacteurs prenant en compte les objectifs de qualité et de performance économique, ainsi que les contraintes de sécurité et de respect de l’environnement. Former des cadres aptes à  travailler à l’interface de plusieurs champs disciplinaires (microbiologie, génie des procédés, automatique) afin d'élaborer des produits fermentés dans différents domaines d’application : chimie verte, pharmacie, agro-alimentaire, bioénergies...Contenu:Conduite des bioprocédésDimensionnement de bioréacteursTransferts de matière, de chaleur, d’oxygèneFermentation en milieu solide, biofilmsBioréacteurs dédiés à des applications spécifiquesScale-up de bioprocédésSimulation de fermentationMini-projet de dimensionnement See course