| IEVU_UE_ANGL-Anglais_2023-24 |
APT_1757_IEVU_UE_ANGL_2023_24 |
Cours de perfectionnement en anglais portant notamment sur le vocabulaire spécifique de la DA et les capacités de présenter et défendre des projets en anglais |
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| PPSE G-Infos générales PPSE_2023-24 |
APT_17663_PPSE_G_2023_24 |
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| EN maths-Méthodes de statistique en grande dimension pour l'analyse de données de biologie moléculaire_2023-24 |
APT_17733_EN_maths_2023_24 |
Le but de ce cours au sein du M2 MathSV est de proposer une extension de la méthode Lasso qui est très fréquemment utilisée à un cadre multivarié en grande dimension. Le cours contient à la fois des résultats théoriques qui sont démontrés ainsi qu'une implémentation en R de la méthode et une application à des données de biologie moléculaire. Cet enseignement est dispensé sous forme de cours magistraux et de séances sur machine avec le logiciel R. La validation se fait par un exposé en binôme au cours duquel les étudiants doivent présenter soit la mise en oeuvre des techniques vues en cours sur un jeu de données fourni soit en présentant les résultats d'un article de recherche en lien avec le sujet du cours. |
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| M1Bioceb UE Decision-Decision Aiding, Operation Research and Sciences for innovation_2023-24 |
APT_17748_M1Bioceb_UE_Decision_2023_24 |
In a digital age, Facing up the complexity of science-based decision-making, in an organization that is adapting its internal environment to its external environment.Understanding the process of innovation (leading from a new idea, a new object, a new tool or a new behavior to its widespread acceptation and application) and the ability to develop a new business model.Group-work aptitude |
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| BIOTECH_UE_MAGE-Manipulation génétique des ressources végétales_2023-24 |
APT_1830_BIOTECH_UE_MAGE_2023_24 |
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| BIOTECH_UE_3B-Biomolécules, biomatériaux, bioénergies_2023-24 |
APT_1840_BIOTECH_UE_3B_2023_24 |
L’UE s’inscrit dans le contexte de l’essor mondial de la chimie verte en réponse à des enjeux socio-économiques, environnementaux et technologiques conduisant à exploiter la biomasse végétale pour la production de molécules et matériaux d’intérêt. Les biotechnologies constituent l’un des principaux leviers d’innovation dans ce secteur, à la fois pour l’optimisation de la qualité de la biomasse et pour la mise au point d’outils de bioconversion technologiquement performants et respectueux de l’homme et de l’environnement.Cette UE s’adresse à la fois aux étudiants souhaitant découvrir les applications des biotechnologies (végétales et industrielles) à la chimie verte et aux étudiants ayant déjà suivi une formation en bioraffinerie et chimie verte souhaitant acquérir une formation pratique en biochimie végétale et rencontrer des acteurs professionnels.L'UE, mutualisée entre la DA Biotech et le M2 BEB du Master européen Bioceb, offre par ailleurs une occasion de suivre un enseignement en langue anglaise dans un contexte interculturel. |
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| BIOTECH_UE_CODEME-De la plante au médicament - Substances naturelles d'intérêt biologique et écologique_2023-24 |
APT_1842_BIOTECH_UE_CODEME_2023_24 |
L’objectif de cet enseignement est d’apporter des connaissances sur la diversité des métabolites trouvés dans le règne végétal et microbien et sur l’utilisation de ces substances naturelles pour concevoir de nouvelles molécules actives d'un point de vue thérapeutique et écologique. |
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| BIOTECH_UE_CEMEX-Concepts et méthodes expérimentales en biotechnologie_2023-24 |
APT_1844_BIOTECH_UE_CEMEX_2023_24 |
Cet enseignement constitue le tronc commun de la DA BIOTECH. Il a pour but d'apporter, en début de formation, des bases communes aux biotechnologies, au travers de cours, de conférences, de visites et d'une séquence importante de travaux pratiques (45h). |
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| NUTRI_UE_PROJ-Projet en nutrition humaine_2023-24 |
APT_1863_NUTRI_UE_PROJ_2023_24 |
Le projet d'ingénieur en nutrition humaine est un travail réalisé en binôme/trinôme de septembre à février sur une problématique proposée par un partenaire extérieur (entreprise, agence publique, organisation non-gouvernementale) et durant lequel les étudiants mobilisent les connaissances et savoir faire acquis durant leur formation au sein de l'établissement, en autonomie et sous la supervision d'un enseignant chercheur |
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| 2ASIMM-STATS-Sciences des données : apprentissage statistique_2023-24 |
APT_1978_2ASIMM_STATS_2023_24 |
La première partie est consacrée à des méthodes d’apprentissage non supervisé afin d’aider à la manipulation et à la visualisation de données. Une méthode classique de statistiques exploratoires -- l’analyse en composantes principales -- et des méthodes de classification non supervisée telles que les k-means et la classification ascendante hiérarchique sont présentées dans cette première partie.La seconde et majeure partie est consacrée à des méthodes d’apprentissage supervisé afin de fournir des outils de modélisation et d’interprétation de données. Le modèle linéaire -- qui regroupe la régression linéaire, l’analyse de la variance à un et deux facteurs et l’analyse de la covariance --, la régression logistique et la méthode des k plus proches voisins sont présentés dans cette partie.Cette UE comporte des cours magistraux, des travaux dirigés et des TD informatiques sur le logiciel R. |
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| 2ASIMM-MMC-Mécanique des milieux continus_2023-24 |
APT_1979_2ASIMM_MMC_2023_24 |
Approche eulérienne des écoulements et transferts dans les fluides monophasiques newtoniens. Approche filaire. Introduction à des phénomènes plus complexes (sans introduction d'un formalisme général): matériaux multiphasiques et/ou anisotropes, approche multi-échelle, turbulence. Analyse et résolution numériques de problèmes d'écoulement, de déformation et/ou de transfert par simulation numérique (approche filaire et approche 2D) sur des exemples dépendant du domaine. |
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| 2ASESG-AN-FIN-Analyse financière_2023-24 |
APT_1982_2ASESG_AN_FIN_2023_24 |
- Rappels comptables - Rentabilité - Solvabilité - Financement - Démarche d'analyse financière et stratégie d'entreprise |
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| 2A-D1P-Domaine "Productions, filières, territoire pour le développement durable"_2023-24 |
APT_1986_2A_D1P_2023_24 |
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| 2A-D1P-UC1-CARACT CHAMP CULTIV-UC1 Palaiseau - Caractérisation du champ cultivé ; Elaboration des constituants animaux_2023-24 |
APT_1992_2A_D1P_UC1_CARACT_CHAMP_CULTIV_2023_24 |
L'UC1 s'intéresse aux déterminants de la production agricole. Elle se décline en deux sous UC, l'une axée sur la production végétale (UC1.1), l'autre sur la production animale (UC1.2). UC 1.1 Caractérisation du champ cultivé. Rappels sur le principe et la méthode du diagnostic agronomique puis application à travers l'observation du profil cultural et la réalisation d'un diagnostic prairial à Grignon. Ouverture sur l'utilisation de ces méthodes. UC 1.2 Élaboration des constituants des denrées animales Mécanismes de la croissance du tissu adipeux et du muscle (déterminants nutritionnels et hormonaux). Relation entre alimentation et croissance animale. Modélisation mécaniste des phénomènes de la croissance. Cours sur la physiologie de la lactation. |
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| 2AD2- UC2 GENIE DES PROCEDES-D2 - UC2 Génie des procédés appliqués aux aliments et bioproduits_2023-24 |
APT_2002_2AD2__UC2_GENIE_DES_PROCEDES_2023_24 |
Ce cours présente les principes de base du génie des procédés appliqué aux aliments et bioproduits. Deux concepts génériques seront présentés et détaillés lors de trois cours théoriques introductifs (4,5 h au total) : les bilans de matière et d'énergie et les nombres adimensionnels facilitant la généralisation des phénomènes d'une échelle à une autre, d'un produit à un autre, d'une condition opératoire à une autre. Ces notions théoriques seront ensuite mobilisées lors de huit séances de TD de 3 h pour permettre aux étudiants de mettre en pratique ces notions et de traiter de manière pragmatique des problèmes de dimensionnement ou d'optimisation de conditions opératoires de procédés. On insistera à ce niveau sur les hypothèses simplificatrices émises lors de la formalisation des phénomènes et l'homogénéité dimensionnelle des relations obtenues . Des opérations essentiellement thermiques seront abordées dans cet enseignement : chauffage d'un fluide avec ou sans réaction chimique en écoulement dans un réacteur tubulaire ou agité, chauffage de solides avec ou sans changement d'état… Ces séances de TD permettront ainsi de questionner les hypothèses émises lors de la présentation des outils en cours théoriques. |
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| 2AD2-UC4 SECTEURS-D2 - UC4 Secteur et fonctionnement des entreprises_2023-24 |
APT_2004_2AD2_UC4_SECTEURS_2023_24 |
l'UE se décompose en deux parties (I) Initiation à l'économie de l'innovation dans les filières agroalimentaires (6h ; G. Giacomoni) (II) Bases de la gestion de production d'une entreprise alimentaire : présentation de la méthode MRP (Management des Ressources de Production), de la production en Juste-à-Temps, de la gestion des stocks et d'une chaîne de production (12h - 3X4h00 ; M. Nakhla, D. Kabeche) - Approche marketing des entreprises agroalimentaires : objectifs et présentation des outils et méthodes (6h ; N. Dehiri) |
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| SILAT A1-Géomatique et information spatiale_2023-24 |
APT_20043_SILAT_A1_2023_24 |
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| M2 Bioceb UE Specialized metab-Specialized metabolites in biotechnologies_2023-24 |
APT_20083_M2_Bioceb_UE_Specialized_metab_2023_24 |
Exploring specialized metabolite diversity (multi-omics),Understanding primary and secondary metabolism,Manipulating secondary metabolism (environment and genetics),Purifying and characterizing metabolites,And screening of novel molecules and evaluation of their biological activity . |
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| 2A-D4-Domaine "Ingénierie et santé : Homme, bioproduits, environnement"_2023-24 |
APT_2015_2A_D4_2023_24 |
En comparaison avec d’autres formations d’ingénieur ou de masters en lien avec la santé humaine, l’une des particularités de la formation délivrée au sein d’AgroParisTech dans le domaine « Ingénierie et Santé ; Homme, bioproduits, environnement » est de traiter à la fois des relations environnement – santé humaine et produits (alimentaires ou non alimentaires) – santé humaine. De plus, les ingénieurs AgroParisTech formés sur ce domaine auront une vision intégrée de l’amont, de par les connaissances acquises en tronc commun de première année (notamment en agronomie et productions végétales ou animales), ainsi que des connaissances plus spécifiques et des compétences multidisciplinaires qui leur seront délivrées au sein du domaine (socle commun de domaine notamment, mais aussi par des parcours d'unités d’enseignement optionnelles) ; cette vision intégrée constituera un atout et une spécificité qui leur permettra d’appréhender dans leur métier futur des problématiques liées à la Santé de l’Homme dans toute leur complexité. |
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| 2A-D4-UC Risques-SCD4 - Risques sanitaires environnementaux et alimentaires_2023-24 |
APT_2016_2A_D4_UC_Risques_2023_24 |
Les crises sanitaires de ces vingt dernières années (Tchernobyl, dioxines, Erika, virus H1N1, Covid-19, etc.) ont clairement mis en évidence l’impact important des activités humaines sur l’état des milieux environnementaux (air, sols, sédiments, eaux), ainsi que les conséquences sur l’homme en termes sanitaires. L’actualité nous montre aussi que de nombreuses crises sanitaires touchent l’industrie alimentaire (Listeria, E.coli O157:H7, ESB, etc.). Aussi, l’évaluation des dangers et des risques sanitaires environnementaux et alimentaires pour l'Homme est désormais devenue une préoccupation majeure dans nos sociétés industrialisées. Ceci concerne aussi bien les microorganismes ou substances déjà connus et présents dans notre environnement (environnement général, professionnel, ou alimentation), que les dangers émergents qui apparaissent suite aux innovations technologiques, aux modifications des habitudes de vie ou de commercialisation. |
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| 2A-D4-UC Maths/Stats-SCD4 - Maths/Stats pour la Santé_2023-24 |
APT_2019_2A_D4_UC_Maths_Stats_2023_24 |
Objectifs : comprendre des modèles mathématiques qui sont couramment utilisés dans le domaine de la santé. |
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| Mon_BioGET_SIG-Cours en ligne SIG (UE supplémentaire)_2023-24 |
APT_20305_Mon_BioGET_SIG_2023_24 |
Initiation aux SIG pour des écologues |
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| UC1-05-Biologie intégrative, introduction à la complexité du vivant_2023-24 |
APT_2066_UC1_05_2023_24 |
Contenu de l'enseignement 1- Introduction module et bases de l'intégration en biologie + distribution articles (cours), 2- Génomique appliquée à la sélection animale (cours), 3- Intégration en ecophysiologie (cours), 4- Approche de mesure des flux métaboliques chez l'homme (cours & TD), 5- Intégration et modélisation réseau métabolique des microorganismes (TD), 6- Acquisition image confocale (démonstration) et analyse d'image chez les plantes (TD), 7- TD : De l'image au modèle statistique - exemple de reconstruction 3D d'une cellule et de ses compartiments, 8- TD : Intégration transcriptome et protéome chez la plante, 9- Approches intégrées en biotechnologie végétale (cours) |
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| UC1-09-Dendrométrie, croissance et production des peuplements forestiers_2023-24 |
APT_2073_UC1_09_2023_24 |
L’UC vise à fournir les bases nécessaires aux métiers de la gestion forestière en termes de biométrie forestière (caractérisation quantitative de l'arbre, du peuplement, et du massif forestier) et de caractérisation des peuplements forestiers et de leur dynamique (concepts, méthodes, modèles).Caractérisation dendrométrique de l'arbre : diamètre, hauteur, forme et volume. Définitions des grandeurs, appareils et méthodes de mesure, analyse et précision des mesures, estimation indirecte par tarif de cubage. Caractérisation dendrométrique des peuplements : densité, surface terrière, volume, hauteur dominante. Analyse de données d'inventaire forestier et calcul de la précision des estimations.Développement de l'arbre. Description des processus dynamiques et des différentes mesures de productivité à l'échelle de l'arbre et du peuplement. Présentation des différentes approches de modélisation de la croissance forestière. |
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| UP-14 Proj Innov-Projet d'innovation et d'utilité commune_2023-24 |
APT_2220_UP_14_Proj_Innov_2023_24 |
L'objectif consiste à participer à des projets réels menés dans les domaines de la santé, de l'environnement, de l'agroalimentaire, par des entreprises ou des startups ou des institutions ou des écosystèmes (incubateurs, etc.) afin de comprendre des théories et des méthodes pour innover, d'apprendre comment se conçoivent et s'évaluent des stratégies d'action collective (notamment au sens de la RSE), en adoptant les gestes, les outils et les postures appropriées (gestion de l'humain, des ressources, des risques, du réel, de l'imaginaire, etc.). |
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| D3 BSTIE Palaiseau_2023/2024 |
APT_24383_2023_2024 |
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| 1AA-AE UC-Gde Fonct ent-Les grandes fonctions de l'entreprise_2023-24 |
APT_4193_1AA_AE_UC_Gde_Fonct_ent_2023_24 |
Les grandes fonctions de l'entreprise : fonctions opérationnelles et fonctionnelles. La structure des entreprises : par division, matricielle filières, branches dans les IAA. Mise à contribution de professionnels impliqués dans le suivi de l'apprentissage (GRH, DG etc.) |
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| BIOTECH_UE_INEMI-Les interactions entre micro-organismes_2023-24 |
APT_5794_BIOTECH_UE_INEMI_2023_24 |
Candida albicans est une levure pathogène opportuniste présente chez 80% de la population. Outre des infections superficielles, Candida peut causer des infections profondes disséminées chez les patients immunodéficients qui conduisent à la mort dans 40% des cas. De nombreux facteurs prédisposent à la pathogénie de cette levure, parmi ceux-ci des protéines de surface qui vont permettre l’adhésion et favoriser la formation de biofilms. Ces protéines pourraient constituer des cibles potentielles pour le développement de traitements ; cependant une grande majorité d’entre elles restent à caractériser.Afin de tester le rôle de ces protéines de surface de C. albicans dans ses capacités à adhérer à certaines surfaces ou à interagir avec d'autres micro-organismes, des souches recombinantes de S. cerevisiae exprimant en surface (surface display) des protéines de C. albicans ont été construites. Ces souches recombinantes seront caractérisées (immunolocalisation des protéines hétérologues et analyse des modifications éventuelles des propriétés de surface), puis testées quant à leur capacité à : (i) adhérer à des surfaces abiotiques, (ii) agréger en présence d’autres cellules, (iii) former des biofilms seules ou en présence de bactérie(s) en microplaques.Cette UC comportera principalement des Travaux Pratiques dans lesquels de nombreuses techniques : immunofluorescence sur cellules, tests d’adhésion au polystyrène et de formation de biofilms, tests d'agrégation cellule-cellule, tests d'inhibition de croissance, propriétés de surface des cellules… seront développées. |
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| HAB947B1-Politiques de la nature BIOGET_2023-24 |
APT_5983_HAB947B1_2023_24 |
L’objectif général est de donner aux étudiants les connaissances de base nécessaires à la compréhension de l’écopolitique internationale et des principaux paradigmes qui les sous-tendent : accords et engagements internationaux d’environnement et mise en œuvre en contexte Sud ; acteurs de la scène internationale place et rôle des bailleurs de fonds et stratégies des ONG d’environnement ; normes et instruments qu’ils tendent à diffuser. |
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| UC2-03-Big Data et sciences du vivant : introduction aux méthodes de data science pour l'étude de données « -omiques »_2023-24 |
APT_7456_UC2_03_2023_24 |
Cette UC débutera par une présentation des données "-omiques" et de la façon dont elles ont été acquises. Nous présenterons ensuite les limites du modèle linéaire standard ainsi que des méthodes régularisées pour faire de la sélection de variables ou de la réduction de dimension dans les modèles linéaires en grande dimension (Lasso, Ridge, Elasticnet, PLS). Les algorithmes utilisés pour mettre en place ces méthodes et les techniques usuelles de choix de paramètres de régularisation seront également présentées (cross-validation, stability selection) ainsi que le package R glmnet. Nous expliquerons également comment étendre ces méthodes au cas multivarié et nous présenterons la notion de courbes ROC qui permet de comparer les performances de différentes méthodes. Nous présenterons également les arbres de régression et les arbres de modèles. Chaque méthode présentée sera appliquée aux données réelles associées au problème biologique de départ lors de séances en salle informatique à l'aide du logiciel R. Deux séances seront ensuite consacrées à l'interprétation biologique des résultats obtenus par les méthodes statistiques et/ou algorithmiques via la consultation de différentes bases de données. Quatre séances seront enfin réservées à la réalisation d'un travail personnel en binôme qui permettra aux étudiants d'appliquer les méthodes vues en cours à des données associées à de vraies questions biologiques et de préparer la restitution orale qui aura lieu à la fin de l'UC. Cette UC s'achèvera par les présentations orales des étudiants en binôme. |
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